1486 telét ismét Firenzében tölti, és Flavio Mitridatéval arámi és héber ta¬
nulmányaiban mélyed el. Flavio a kabbalista hagyományt is jól ismerte, és ő
fordított le Pico számára számos középkori héber exegetikus szöveget, pél¬
dául Levi ben Gershom kommentárját az Énekek énekéhez, amit a kabbalisztikus
szövegek sorának fordítása követ; ezek közül az első valószínűleg Menachem
da Recanati kommentárja Mózes öt könyvéhez. Ekkor véglegesíti az 1487
januárjára tervezett római dispután megvitatandó 900 fézist, amelybe az egész
addig ismert nyugati és keleti filozófiai hagyomány minden ágából válogat:
görög és latin, héber és arab nyelvű szerzőktől, pogány, keresztény, zsidó,
muszlim vallásúaktól, sőt a kabbalából, a hermetikus hagyományból és a
természeti mágiát illető téziseket is. A téziseknek nagyjából a fele más szer¬
zőktől való (nem egyenes idézet gyanánt, hanem Pico megfogalmazásában),
a másik fele pedig Pico saját következtetéseit tartalmazza a fent említett fi¬
lozófiai hagyomány különböző ágait illetően. A 900 Zezist 1487. januär 7-En
nyomtattatja ki a saját költségén Rómában, és elküldi minden lehetséges
érintettnek, akiket szintén saját költségén meghív, hogy vegyenek részt a
dispután. VIII. Ince azonban a spanyol Pedro Garcia bíboros ügyködése
nyomán február 20-án egy brevében felftiggeszti a disputat, Picdt egy igen
megalázó kivizsgálásra hívják be, majd március 2-án a párizsi szabad gon¬
dolkodást ellenző Kúria Pico hét tézisét eretneknek, hatot pedig eretnekgya¬
núsnak ítéli. Tézisei védelmében Pico májusban publikálja Apológiáját, ez
azonban csak olaj a tűzre: a pápa június 6-i örevéjében elrendeli az inkvizíció
vizsgálatát, július 31-én Picót kötelezi, hogy vesse alá magát a kivizsgálásnak,
egy augusztus 4-i bullában pedig elítéli a 900 zézisben és az Apológiában
foglaltakat, és elrendeli azok minden példányának bezúzását. A pápa letar¬
tóztatási parancsot ad ki Pico ellen; a filozófus városról városra Párizs felé
menekül, immár az inkvizíció üldözi, de Franciaországban VIII. Károly
veszi oltalmába 1488 februárjában; a látszat kedvéért azonban , letartóztatja",
és teljes kényelmét biztosítva tartatja fogva Vincennes erődjében. Innen
márciusban , szabadul ki", de még hazatérte előtt egy kerülővel a Rajna felé
meglátogatja Kues városában Nicolaus Cusanus könyvtárát az általa alapított
Szent Miklós kórházban.
Lorenzo de’ Medici közreműködésével és az ő oltalma alatt telepedhe¬
tett le Firenzében, az eretnekség vádja alól azonban csak a következő pápa,
VI. Sándor mentette fel 1493. június 18-án. Firenzében a zsidó származású
Jochanan Alemannótól hébert tanul, és vele együtt tanulmányozza az Öszö¬
vetséget. Ekkor készül el fordítása a Jób könyvéből, zsoltármagyarázatai és
a Teremtés első tizennyolc versét hétszeresen elemző műve, a Heptaplus,
amelyet 1489-ben ki is nyomtat. 1490-ben Poliziano kérésére állítja össze